Отдел магистратуры в Андижанском государственном медицинском институте был открыт в 2001 году по инициативе ректора института , профессора М.А.Хужамбердиева. В это время были открыты 5 специальностей: акушерство и гинекология, терапия, кардиология, педиатрия и 16 студентов прошли подготовку по этим специальностям.
Для организации учебного процесса по этим специальнорстям принимали участие профессора М.А.Хужамбердиев, Т.К.Мухитдинова, Д.Б.Асранкулова, З.С.Салохиддинов, К.Д.Джалолов, Ф.Н.Нишонов, А.Я.Уринов, Х.Т. Мусашайхов, Г.М.Ходжиматов, И.И. Алимджанов, A.Ш.Aрзикулов, O.С.Tашбаев.
В должности начальника отдела работали:
Профессор К.Т.Худайбердиев, доцент У.М.Карабаев, профессор А.Ш.Арзикулов, профессор А.И.Хатамов, доцент Ш.Х.Хамракулов, доцент Б.Ю.Маматов, доцент Х.М.Мамадиев.
Впервые в качестве заведующего отделом магистратуры был назначен профессор K.Т.Худойбердиев, и благодаря его активной работе число специалистов ежегодно увеличивалось.К 2005 году количество специальностей достигло 13, включая психиатрию, инфекционные заболевания, педиатрическую хирургию, общую онкологию, нейрохирургию, гематологию и трансфузиологию, дерматовенерологию, оториноларингологию.В этот период в этом отделе работали профессор К.Мирзаев, М.Толипов и до нынешнего времени продолжают работать профессора М.Л.Аграновский, А.Г.Гофуров, К.Т.Худойбергдиев, К.Солиев, Ш.А.Хамидов, А.Паrирдинов, С.Ибрагимов, А.И.Алимов, К.К.Касимов, доцент М. Юлчибаев, Ю. Тухтасинов, А. К. Курбонов, Н. А. Акбаров, Б. Рахимов, Б. Мирзакиримов, М.К.Султанкулова, Д.З.Мамарасулова, Н.Ю.Мирзаюлдашев, Н.Е.Юлашева, Ф.Ш.Хамидов, К.П.Норбоев, О.С.Юлдашева, Х.Н.Нигматшаева, С.Э.Думабаева, М.А.Жураева, Д.Солиев, Н.Р.Узбекова, М.Тожибеева, Г.Кодирова, И. Тоштемирова, М. Э. Абдулаева, М. Ш. Ганиева, А. Ганиев, Н. Э. Бозоров, А. К. Ботиров, Д. Тэн, А.Л. Косимов, X.Хамдамов.По инициативе ректора института профессора А.Шадманова в 2010 году количество специальностей достигло 21, к ним присоединились неврология, урология, морфология, нормальная и патологическая физиология, офтальмология, детская анестезиология и реаниматология, педиатрическая неврология и наркология.В настоящее время в институте проводится обучение по 25 специальностям. В процессе обучения магистратуры работают более 60 профессоров и докторов наук, доцентов и кандидатов наук.За прошедший период была проведена большая положительная работа по повышению качества образования по специальностям магистратуры.Необходимо ометить, что в 2005 году студент магистратуры по детской хирургии Шерзод Ахмедов, в 2005 году студентка по акушерстве и гинекологии Нодира Мамажанова, 2007 году по хирургии Музаффар Насиров, в 2013 году по неврологии Зикрулло Улмасов, 2014 году по онкологии Яхё Зияев были обладателями стипендии Президаента Республики Узбекистан. В настоящее время 5 из более 700 выпускников магистратуры защитили кандидатские диссертации, 95 работают ассистентами в кафедрах института. В последние годы специалисты кафедр института повысили свой научный уровень, в результате чего был широко налажен обмен опытом с ведущими научными учреждениями республики и зарубежных стран. Наши студенты также отправились в эти учреждения для изучения и внедрения новых инновационных образовательных и лечебных технологий.К примеру, Зульхумор Холдарова обучалась по специальности «Общая онкология» в Российском онкологическом научном центре им. Н.Б.Блохина, по нейрохирургии Эркин Хайдаров обучался в Кировской государственной медицинской академии,Аббас Мамадалиев в Донецком национальном медицинском университете, Сайдалихон Хакимов в Казанском медицинском университете по специальности «Общая онкология», Хаёт Косимов на кафедре оториноларингологии Ташкентского института последипломного медицинского образования по специальности «Оториноларингология», Кудрат Турсунов и Акрам Хакимов по специальности «Травматология и ортопедия» находятся в Ташкентском научно-исследовательском институте травматологии и ортопедии, Мавлуда Тургунова в Республиканском научно-исследовательском институте нейрохирургии по специальности «Нейрохирургия», Гузал Соипова по специальности «Методы инструментального и функционального исследования» на кафедре функциональной диагностики Ташкентского института усовершенствованного медицинского образования и Умида Ганиева является студентом Медицинского университета Нагоя,(Япония) со степенью в области детской кардиологии и ревматологии.
Магистратура – это высшее образование на базе обучения после Бакалавриата, по специальности, включающая фундаментальную и практическую программы обучения, предусматривающая не менее двух лет обучения.
Магистр – лицо с обширными знаниями, владеющий научно-исследовательскими и научно-педагогическими методами работы и современными технологиями.
Основные задач, выполняемые отделом магистратуры:
- Основной задачей отдела магистратуры является подготовка на этапе магистратуры в системе непрерывного образования конкурентноспособных, высококвалифицированных, соответствующих знаниями международным стандартам, достигших высокой нравственности и культуры магистров.
- Магистратура является учебно-научным и административным отделом университета по подготовке магистров по нескольким специальностям
- Учебный процесс в магистратуре по соответствующим направлениям образования (специальности магистратуры) организовывается на основании разработанных ведущим высшим учебным заведением, прошедших экспертизу Государственного тестового Цен тра при Кабинете Министров, обсужденных в координационной комиссии по деятельности учебно-методического управления по образовательным направлениям высшего и среднего специального образования Высшего образовательного государственного стандарта(в дальнейшем Государственный Образовательный Стандарт) Министерства высшего и среднего специального образования ( в дальнейшем Министерство) и на основании учебных планов.
- Организация учебного процесса, участие в составлении расписания занятий, определение и контроль объема самостоятельной работы магистранта
- Формирование тематической базы магистерских диссертаций по актуальным вопросам отрасли на основании сотрудничества специальных кафедр с предприятиями и организациями министерства.
- Заключения договоров о взаимном сотрудничестве специальных кафедр с профессиональными колледжами и лицеями для организации научно-педагогической практики.
- Формирование проектов приказов, относящихся к студентам магистратуры и рекомендация их ректору университета
- Проводить духовно-просветительскую и воспитательную работ среди студентов магистратуры и ознакомление их с правилами поведения.
- Организация научно-исследовательской и научно-педагогической практики на предприятиях и учреждениях на основе взаимного сотрудничества и выработка мер по повышению ее эффективности.
- Организация и прием в магистратуру с выработкой предложений с последующим их представлением руководством университета в вышестоящие органы
- Организация деятельности магистратуры с изучением опыта и достижений иностранных университетов для выработки эффективных мероприятий с применением их в учебный процесс.
Распределение специальностей магистратуры
АГМИ по кафедрам
| № | Шифр | Специальность | Кафедра |
| 1. | 5А510101 | Акушерство и гинекология | Кафедра акушерства и гинекологии №1 |
| Кафедра акушерства и гинекологии №2 | |||
| 2. | 5А510103 | Терапия | Кафедра подготовки ВОП №1 |
| 3. | 5А510104 | Оториноларингология | Кафедра оториноларингологии |
| 4. | 5А510105 | Кардиология | Кафедра факультетской терапии |
| 5. | 5А510106 | Офталмология | Кафедра офталмологии |
| 6. | 5А510107 | Инфекционные болезни | Кафедра инфекционных болезней |
| 7. | 5А510108 | Дерматовенерология | Кафедра дерматовенерологии |
| 8. | 5А510109 | Неврология | Кафедра Неврологии |
| 9. | 5А510110 | Общая онкология | Кафедра онкологии вамедицинской радиологии |
| 10. | 5А510112 | Хирургия | Кафедра хирургии и урологии |
| Кафедра общей хирургии | |||
| 11. | 5А510113 | Инструментальные и функциональные методы диагностики (медицинскаф радиология) | Кафедра онкологии вамедицинской радиологии |
| 12. | 5А510114 | Нейрохирургия | Кафедра травматологии, ортопедии и нейрохирургии |
| 13. | 5А510115 | Управление здравоохранением | Кафедра общественного здравоохранения |
| 14. | 5А510117 | Урология | Кафедра хирургии и урологии |
| 15. | 5А510118 | Морфология | Кафедра нормальной и патологической физиологии |
| Кафедра анатомии, оперативной хирургии и топографической анатомии | |||
| 16. | 5А510119 | Наркология | Кафедра психиатрии и наркологии |
| 17. | 5А510121 | Травматология ва ортопедия | Кафедра травматологии, ортопедии и нейрохирургии |
| 18. | 5А510123 | Судебно-медицинская экспертиза | Кафедра патологической анатомии и судебной медицины |
| 19. | 5А510127 | Спортивная медицина | Кафедра реабилитологии и физического воспитания |
| 20. | 5А510201 | Педиатрия | Кафедра госпитальной педиатрии |
| 21. | 5А510202 | Детская хирургия | Кафедра детской хирургии |
| 22. | 5А510203 | Детская анестезиология и реаниматология | Кафедра анестезиологии, реаниматологии и неотложной педиатрии |
| 23. | 5А510204 | Детская кардиология и ревматология | Кафедра госпитальной педиатрии |
| 24. | 5А510205 | Детская неврология | Кафедра неврологии |
| 25. | 5А510206 | Неонатология | Кафедра факультетской педиатрии и неонатологии |
| 26. | 5А510111 | Психиатрия | Кафедра психиатрии и наркологии |
| 27. | 5А510120 | Анестезиология и реаниматология | Кафедра анестезиологии, реаниматологии и неотложной педиатрии |
В Андижанском государственном медицинском институте в тесном сотрудничестве с Андижанским машиностроительным институтом и унивеситетом ТЭГУ Республики Корея разработана межвузовская магистерская программа по медицинской инженерии, которая направлена на подготовку специалистов с техническим образованием в области медицинских технологий (медицинских инженеров).
Как известно, в настоящее время в Узбекистане проводятся широкомасштабные преобразования в области здравоохранения (приняты ряд постановлений Президента Республики Узбекистан, которые направлены на коренное реформирование системы здравоохранения). В частности, Постановлением Президента Республики Узбекистан № ПП-2956 от 5 мая 2017 года “О мерах по дальнейшему реформированию системы медицинского образования в Республике Узбекистан” указано на необходимость выработки предложений по дальнейшему совершенствованию системы медицинского образования на основе изучения международного опыта.
С целью реализации мероприятий, определенных в данном постановлении, Андижанским государственным медицинским институтом в тесном сотрудничестве с Андижанским меашиностроительным институтом разработана межвузовской магистерская программа по медицинской инженерии, которая направлена на подготовку специалистов с техническим образованием в области медицинских технологий (медицинских инженеров). Данная экспериментальная программа рассмотрена и утверждена Министерством здравоохранения и Министерством высшего и среднего специального образования Республики Узбекистан.
Необходимо отметить, что учебный процесс организован на основе кредитно-модульной системы, которая предусматривает: модульную структуру образовательной программы; использование зачетных единиц (кредитов) для оценки трудоемкости; использование балльной системы оценки знаний; участие студента в формировании индивидуального учебного плана; увеличение доли самообучения в образовательном процессе; увеличение гибкости образовательных программ и др.
С целью качественного обеспечения учебного процесса по реализации межвузовской магистерской программы по медицинской инженерии в Андижанском медицинском институте состоялось очередное заседание. В нем принимали участие ректор Андижанского государственного медицинского института, проректора, заведующие кафедрами, деканы факультетов, начальники отделов и подразделений партнерских вузов – Андижанского государственного медицинского института и Андижанского машиностроительного института.
Рабочее совещание открыл ректор института, д.м.н., профессор М.М. Мадазимов. Он отметил, что впервые в систему высшего образования Узбекистана внедрена межвузовская магистерская программа, и в частности, по медицинской инженерии, которая была разработана авторской группой из ведущих специалистов Андижанского государственного медицинского института (АГМИ) и Андижанского машиностроительного института (АндМИ). По решению Государственной комиссии о приёме учащихся и студентов в образовательные учреждения Республики Узбекистан от 17 сентября 2018 года, были выделены дополнительные квоты по направлению магистратуры “Медицинские и биомедицинские машины и оборудование” на платно-контрактной основе для реализации вышеуказанной программы по медицинской инженерии. Были отобраны 9 студентов, которые в настоящее обучаются в вузах-партнерах. Далее ректор института отметил особую значимость данной программы для системы здравооохранения, и в частности, она является ценным связующим звеном и каналом информации между инженерами по медицинскому оборудованию и специалистами-врачами медицинских и лечебно-диагностических учреждений. Министерство здравоохранения Республики Узбекистан также признает, что дорогое медицинское оборудование, установленное в государственных и частных медицинских учреждениях, не может быть использовано из–за отсутствия у персонала (докторов и технического персонала) необходимых знаний и навыков по управлению и использованию высокотехнологичного медицинского оборудования западных стандартов.
Далее, выступил начальник управления международного сотрудничества Андижанского машиностроительного института Жураев З.Б. В своем выступлении он отметил, что межвузовская магистерская программа по медицинской инженерии была разработана в целях реализации мероприятий, определенных постановлениями Президента Республики Узбекистан от 5 мая 2017 года № ПП-2956 “О мерах по дальнейшему реформированию системы медицинского образования в Республике Узбекистан” и от 5 июня 2018 года № ПП-3775 “О дополнительных мерах по повышению качества образования в высших образовательных учреждениях и обеспечению их активного участия в осуществляемых в стране широкомасштабных реформах”. Программа ориентирована как на бакалавров с техническим образованием (выпускники технических вузов в области электроники, информационных технологий, автоматизации производственных процессов, метрологии, механики, физики), так и на тех, кто имеет базовое медицинское образование (выпускники программы бакалавриата медицинских вузов — медико-биологическое дело, медико-профилактическое дело), и что такой принцип подготовки специалистов также впервые будет реализован в системе высшего образования Узбекистана.
Более того, согласно заключенному соглашению с Южнокорейским Университетом Тэгу (Catholic University Of Daegu), программа предусматривает подготовку специалистов на основе модели 1+1 – первый год обучения будет осуществляться на базе Андижанского государственного медицинского института (АГМИ) и Андижанского машиностроительного института (АндМИ) с использование клинической базы диагностических и лечебных учреждений областного управления здравоохранения и клиники АГМИ, второй год обучения – на базе Университетом Тэгу (Южная Корея).
В ходе встречи были также обсуждения ряд вопросов, касающихся реализации данной программы. Подразделения АндМИ и АГМИ, реализующие межвузовскую магистерскую программу “Медицинская инженерия” , как особо отметил ректор института, должны располагать необходимой для этого материально-технической базой, обеспечивающей проведение всех видов учебной и научно-исследовательской работы студентов, предусмотренных учебным планом; лекционные аудитории (оборудованные видеопроекционным оборудованием для проведения презентаций, средствами звуковоспроизведения, экраном и имеющие выход в Интернет), помещения для проведения семинарских и практических занятий (оборудованные учебной мебелью и видеопроекционным оборудованием для проведения презентаций), компьютерные классы, библиотеку (имеющую рабочие места для студентов, оснащенные компьютерами с доступом к базам данных и к Интернету).
Выступившие также отметили особую важность того, что в рамках программы «Медицинская инженерия» в соответствии с учебным планом предусмотрена производственная и научно-исследовательская практика студентов в лечебно-диагностических центрах, в учреждениях медико-технического профиля, в аналитических и научных структурах вузов-партнеров. Для этого, уже с текущего года необходимо осуществлять подготовительные мероприятия.
По окончании встречи, руководителям подразделений были даны конкретные задания по дальнейшей реализации межвузовской программы по медицинской инженерии.
Совместно с Андижанским государственным медицинским институтом, Андижанским машиностроительным институтом и Корейским университетом TEGU начался учебный процесс совместной магистерской программы «Медицинская инженерия».
В 2017-2018 учебном году начался учебный процесс для студентов магистратуры, поступивших в магистерскую программу «Медицинские и биотехнологические машины и оборудования» на основе межведомственной магистерской программы по медицинской технике, разработанной совместно с Андижанским государственным медицинским институтом, Андижанским машиностроительным институтом и Корейским университетом Тегу.В настоящее время будущие медицинские инженеры будут обучаться в Андижанском государственном медицинском институте в первом семестре 2018-2019 учебного года. Второй семестр проводится в Андижанском машиностроительном институте. В наступающем учебном году они обучаются в университете Тегу в Корее.По этому случаю 4 декабря 2018 года ректор Андижанского государственного медицинского института профессор М.Мадазимов встретился со студентами магистратуры.
В начале встречи ректор института поздравил студентов, поступивших на магистратуру по специальности «Машины и оборудования медицины и биотехнологии».
Он также отметил, что в Андижанском государственном медицинском институте созданы все необходимые условия для обучения.
В будущем им необходимо одновременно изучать медицинские и технические знания и в то же время изучать иностранный язык, чтобы стать квалифицированными медицинскими инженерами. 
Ректор института выразил уверенность в их способности стать ведущим специалистом и пожелал удачи и побед «первому образцу» этой специальности магистратуры.
В Андижанском государственном медицинском институте проведён семинар на тему “Совместная магистерская программа по клинической инженерии в Узбекистане”
Проведена итоговая Государственная аттестация для выпускников магистратуры